1999年，长野县长野市松代的皆神山座落着一座私立学院这座学院因为接二连三发生奇怪现象，被周围的人称作“超自然学院”。这座学院的校长和学生都夜以继日的研究这些奇怪现象。校长去世后，非常讨厌“超自然”的校长的女儿神代玛雅接替了他的位置，她遇见了从2012年穿越来的内田文明。这之后，他们二人不断遭遇学院内的奇怪现象，最后终于得知了内田文明回到1999年的理由……