2053年，突然出现的宇宙生命体侵略了地球，直接导致了地球上人口损失过半，在人类方面军反击作战失败之后，日本方面军在富士基地展开了一项名为「Planzet」的最终作战计划机动战士驾驶员明岛大志接到了死守作战基地的命令，只许死守不准失败，在这场作战前夕，大志将自己的妹妹与家人送往安全的火星避难。事关人类生死存亡的「Planzet」最终打响了，大志面对着多于自己数倍的敌人勇敢的冲了出去，这场人类最后的保卫战就这样打响了……