平和に他の星と共存していたフリード星だったが、ある日、宇宙征服を目論むベガ星連合軍の、円盤獣による侵略攻撃を受けて滅亡する王子デュークはフリード星の守護神「グレンダイザー」が組み込まれた宇宙船スペイザーで脱出。地球に落ち延びたところを宇宙科学研究所の所長・宇門源蔵博士に救われ、養子“大介”を名乗る事にした。 一方、デュークの脱出成功を知ったベガ星連合軍の司令・ガンダルは部下・ブラッキー隊長に抹殺と地球侵攻を命令。 かくしてデューク・フリードの、地球を守るための戦いが始まる。