第二部的剧情是接再第一部之后发展的，升上小学四年级的一小麻烦魔女们在“最后一次”到魔女世界去的时候，从盛开的花朵中看见了诞生的魔法婴儿因为魔女世界里有一条规定：第一个看到魔法婴儿诞生的魔女就必须当她的母亲照顾她一年。 就因为这个缘故，小麻烦魔女们又回复了魔女见习生的身分，并接受女王陛下的托付，照顾魔法婴儿小花一年。如果能够平安的养育小花，并通过定期健康检查，就能升格为真正的魔女。 为了照顾小花，小麻烦魔女们将原本贩卖用魔法黏土作出小饰品的魔法堂，改装成像花园魔法堂，并且开始做起卖小盆栽的生意。如此一来就可改变成最适合小花成长的优良环境。 就这样，小麻烦魔女们和小花制造了许多回忆。但好景不常，某天，小花不明的发高烧。为要救小花，小麻烦魔女们潜入了被诅咒的森林摘取“真爱苏布里姆花”，但要摘取花朵，就得牺牲魔女水晶球。 费尽千辛万苦，小麻烦魔女们还是摘到了真爱苏布里姆花，医治了小花。但是一年的期限却也随之到来。小花回到了魔女世界，和小麻烦魔女们分开之后，每当有小婴儿来到花园魔法堂，总会让小麻烦魔女们一阵鼻酸…