果冻学院准备广招新生，谁知开学第一天却无人报名原来东方求败与四大恶贼在花果山上开设了忍者学院，所有人都赶去学忍术。武术不再受欢迎，即将要没落。果宝特攻去花果山理论，结果惨败在使用忍术的四大恶贼手下。一时之间，忍术所向披靡，受到整个水果世界的追捧。后来方丈在花果山意外受重伤，三剑客被冤枉诬陷，说他们是欺师灭祖的叛逆，结果三剑客被打落山崖，机甲彻底损毁，从此被整个世界谴责遗弃。三剑客在小果丁的帮助下，前去莲珠谷寻找属于自己的莲珠，并以最新的水果嫁接技术，将果宝机甲重组升级。之后他们决定重上花果山，寻找方丈被害的真相，洗刷自己的罪名……